Després que el misteriós pervertit deixi l'Ebisu fora de combat, el Naruto descobreix que es tracta del Jiraiya, també anomenat sennin Gripau. Impressionat per les seves habilitats, el jove ninja fa servir el jutsu eròtic amb la intenció de convèncer-lo que l'entreni per poder aprovar l'examen d'ascens a chuunin.

El Jiraiya mira d'ensenyar al Naruto una tècnica nova, el jutsu del Fetiller, però el jove aprenent té problemes per fer-la bé. Mentrestant, el Dosu descobreix fins a quin punt el Gaara és perillós i el Baki i el Kabuto es reuneixen en secret per parlar del pla d'invasió de la Vila Oculta de la Fulla per part de la Vila Oculta de la Sorra i de la Vila Oculta del So.

Després de decidir detingudament quines flors els reglaran, la Sakura i l'Ino van a visitar el Sasuke i el Rock Lee a l'hospital. Quan hi arriben, descobreixen que el Sasuke se n'ha anat i que el Rock Lee ha decidit continuar entrenant-se malgrat les lesions que va patir. Lluny d'allà, el Neji, el Shikamaru i els altres finalistes continuen formant-se, igual que el Naruto.

El Jiraiya veu que el Naruto triga massa a aprendre el jutsu i opta per fer servir mesures dràstiques. Com que sap que el noi pot aprofitar el txakra de la guineu de nou cues en situacions de vida o mort, el porta a un lloc on l'haurà d'utilitzar tant sí com no, si no vol morir.

El Naruto ha pogut invocar un gripau gegant, el Gamabunta, que està molt empipat perquè té el ninja assegut al cap. A més a més, no es creu que hagi estat el jove qui l'ha fet venir. Per demostrar-li-ho, el Naruto haurà d'aguantar a sobre del cap del Gamabunta mentre el gripau intenta fer-lo caure.

El Naruto està esgotat i el porten a l'hospital. Quan es desperta, veu el Shikamaru, que li ha portat un cistell ple de fruita. Per sort, tots dos presencien l'intent del Gaara de matar el Rock Lee i eviten el tràgic final del seu amic. El Gaara explica que l'únic motiu que té per viure és matar tothom i que ell, igual que el Naruto, ha tingut una infantesa molt difícil.

Per fi ha arribat el dia de la prova final de l'examen d'accés a chuunin. El Naruto, però, s'aixeca tard. Mentre va cap a l'estadi, es troba la Hinata i hi parla molta estona. Després, el Konohamaru intenta ajudar-lo amb una drecera i les coses encara es compliquen més. Si arriba tard a la prova, l'eliminaran!

El Sasuke continua sense donar senyals de vida i els seus amics pateixen per ell. Després de la cerimònia d'inauguració de la prova final, comença el primer combat, en què s'enfronten el Naruto i el Neji, a qui el Naruto va prometre derrotar un mes abans, durant les proves preliminars. El Naruto decideix crear molts clons per fer front al byakugan del seu rival.

El Neji, amb una poderosa tècnica defensiva, aconsegueix bloquejar el txakra del Naruto, cosa que al principi li impedeix continuar lluitant. De totes maneres, el Naruto no es rendeix i reganya el Neji per la seva manera de tractar la Hinata i perquè li va dir que era una perdedora. El Neji li explica el motiu que tingui una marca al front i que fos tan cruel amb la Hinata.

El Naruto vol demostrar al Neji que s'equivoca i decideix recórrer al poder del Kyubi, cosa que sorprèn als ninges més veterans. L'enfrontament és explosiu, però el Naruto aconsegueix imposar-se gràcies a un clon de l'ombra que fa servir com a esquer. Mentrestant, el Sasuke continua sense aparèixer.

Mentre el Neji es recupera de les ferides del combat, rep la visita del Hishi, el seu oncle, que li explica una impactant veritat sobre el seu pare. Alhora, a l'estadi, els hokages debaten si han de desqualificar el Sasuke o posposar el combat que ha de disputar contra el Gaara.

El públic espera l'enfrontament del Sasuke, però és el torn de la Temari i el Shikamaru, que no té ganes de lluitar. De totes maneres, decideix enfrontar-se a la Temari només perquè es nega a perdre contra una noia. Demostrarà aquest dropo de la Vila Oculta de la Fulla que és més bo del que sembla?

Ha arribat l'hora del combat entre el Gaara i el Sasuke, però el jove de la Vila de la Fulla continua sense donar senyals de vida. El compte enrere per a la seva desqualificació comença i tothom es fa la mateixa pregunta: on deu ser? Mentrestant, el Shikamaru i el Naruto presencien com el Gaara mata dos pinxos a l'estadi on se celebra l'examen.

Per fi el Sasuke arriba a l'estadi i comença el combat entre ell i el Gaara, a qui tothom considera vencedor. Malgrat que al començament sembla que el Gaara té avantatge, el Sasuke no es queda enrere gràcies a les tècniques que el seu mestre li ha demanat que copiés del Lee durant els entrenaments.

El Sasuke és incapaç de superar la defensa definitiva del Gaara i la seva única esperança és el jutsu que li ha ensenyat el Kakashi aquests últims dies d'entrenament, el chidori. Mentrestant, fora de l'estadi i coordinats amb el Kankuro, la Temari i el Baki, els ninges del cos d'elit de la Vila Oculta de la Sorra preparen un atac.

El combat entre el Sasuke i el Gaara s'interromp quan l'Orochimaru posa en marxa el seu pla i pren el tercer hokage de la Vila Oculta de la Fulla com a ostatge. Mentrestant, els ninges de la Sorra i del So envaeixen la vila. El Kakashi ordena a la Sakura que desperti el Naruto i el Shikamaru perquè té una missió molt important per a ells.

El Kakashi ordena al Naruto, el Shikamaru, la Sakura i el Pakkun que busquin i aturin el Sasuke. Mentrestant, a l'acadèmia de ninges, els professors decideixen evacuar els estudiants perquè no corrin cap perill, cosa que fa sospitar el Konohamaru. D'altra banda, l'Orochimaru i el Sarutobi s'enfronten en un combat en què fan servir tècniques d'allò més sofisticades.

Els membres del grup que busca el Sasuke decideixen que la millor manera d'aturar els ninges que els persegueixen a ells és distraient-los amb una emboscada. Per executar el pla, el Shikamaru es queda enrere, amb el risc que això comporta per a la seva vida. El Naruto, la Sakura i el Pakkun continuen a la cerca del Sasuke, que, al seu torn, persegueix el Gaara.

Mentre el Sasuke continua perseguint el Gaara, l'Orochimaru i el Sarutobi s'enfronten en una batalla llegendària, en què tots dos fan servir tota mena de jutsus sofisticats i prohibits. Per començar, l'Orochimaru invoca els esperits del primer i del segon hokage i després, el Sarutobi invoca el mico Enma. De totes maneres, és evident que el txakra del mestre hokage no és el mateix que quan era jove.

L'Orochimaru revela al Sarutobi la naturalesa de la tècnica que el permet transferir la seva ànima a un altre cos. El mestre hokage, penedit de no haver-lo liquidat fa anys, vol lluitar-hi per matar-lo. D'altra banda, al bosc, el Sasuke atrapa el Gaara i la seva colla, però la Temari demana al Kankuro que s'emporti el Gaara perquè vol enfrontar-se sola al Sasuke.

El tercer hokage recorre al segell que es va fer servir per segellar la guineu de nou cues encara que això comporti que morirà. També a la vila, el Konohamaru i els seus amics segueixen els mestres pels túnels subterranis a la cerca d'un lloc segur. I al bosc, la Temari no pot aturar el Sasuke, que vol lluitar contra el Kankuro, ara. Tanmateix, el Shino decideix enfrontar-s'hi ell, al Kankuro, perquè el Sasuke pugui continuar encalçant el Gaara.

El Shino s'enfronta al Kankuro, que és un expert titellaire i complica l'existència al ninja del clan dels Aburame. D'altra banda, el Sasuke atrapa el Gaara, que comença a revelar la seva veritable forma demoníaca, malgrat que la Temari mira d'impedir-ho. Mentrestant, el Pakkun, la Sakura i el Naruto han localitzat el rastre del Sasuke.

El Gaara cada vegada és més fort i ràpid. El Sasuke, que ja ha fet servir dues vegades el chidori, sap que no el pot utilitzar més perquè s'arrisca a quedar-se sense txakra i a morir. De totes maneres, creu que és l'única manera de derrotar el Gaara, que li diu que malgrat que són iguals perquè els dos estan sols en el món, l'odi del Sasuke és més feble que el seu.

El Gaara, que s'està transformant molt de pressa, està a punt de derrotar el Sasuke, però apareixen el Naruto i la Sakura. La noia està disposada a jugar-se la vida per ajudar el noi que li agrada i el Gaara recorda el moment de la seva infantesa en què l'oncle Yashamaru li va explicar una cosa molt important de la seva mare.

En ple combat, el Gaara assegura al Naruto que si lluita pels altres no aconseguirà res, que ha de lluitar només per ell. El Naruto, però, recorda el seu passat i la solitud que sentia de petit i s'adona que en el seu cas no és així, sinó que ara se sent bé perquè té amics. D'altra banda, l'Orochimaru i el Sarutobi continuen lluitant.

El Naruto ha invocat el cap Gripau, però en lloc seu ha aparegut una granota petita que resulta que n'és el fill. En el combat, el jove ninja de la Fulla ataca la base de la cua del Gaara i fa servir tot de jutsus que sorprenen molt el rival. El Gaara, però, acaba la seva transformació i finalment apareix el monstre que porta dins.

El Gamabunta finalment ha aparegut i s'ha transformat en una bèstia amb ungles i ullals per poder-se enfrontar al Shukaku, que cada vegada té més força. Per derrotar-lo, el Gamabunta i el Naruto decideixen despertar el mèdium i revertir el jutsu. Mentrestant, el Sarutobi aconsegueix arrabassar-li l'ànima a l'Orochimaru, però la conseqüència és fatal.

Com que l'han ferit greument, l'Orochimaru suspèn l'atac i ell i els seus seguidors abandonen la Vila Oculta de la Fulla. El tercer hokage mor i se celebra un funeral en el seu honor i en el dels altres caiguts. D'altra banda, el Gaara i el Naruto, que entén perfectament la solitud que sent el seu adversari, deixen de lluitar.

Els consellers de la Vila Oculta de la Fulla ofereixen al Jiraiya que sigui el quart hokage, però ell diu que val més que busquin una altra ninja llegendària per ocupar el càrrec, la Tsunade. Mentrestant, a la vila arriben dos ninges i l'Asuma i la Kurenai s'hi enfronten. D'altra banda, el Naruto es dedica a entrenar-se al bosc i a menjar ramen.

Un dels forasters és l'Itachi, el membre del clan Uchiha que va matar tota la seva família. El Kakashi s'hi enfronta i li pregunta com és que ha tornat a la vila i ell li contesta que busquen una cosa. El Kakashi dedueix que potser busquen la guineu de les nou cues. El Gai arriba per evitar que els forasters s'emportin el Kakashi. Mentrestant, el Naruto accepta que el Jiraiya l'entreni durant un temps.

El Jiraiya explica al Naruto que és un dels tres ninges llegendaris i que el seu mestre va ser el tercer hokage. El Naruto, com que vol aprendre algun jutsu nou, se'n va amb ell a la ciutat d'Otafuku a buscar la Tsunade. Mentrestant, el Sasuke descobreix que l'objectiu de l'Itachi és el Naruto.

Mentre busca el Naruto, el Sasuke recorda el dia que el seu germà Itachi va matar tot el clan Uchiha. D'altra banda, el Kisame i l'Itachi troben el Naruto. En el mateix moment, però, apareix el Sasuke, que fa anys que no veu el seu germà Itachi, que vol matar des del dia de la cruenta mort de la seva família.

El Jiraiya es disposa a enfrontar-se als dos Akatsuki, però el Sasuke fa un pas endavant i assegura que serà ell, el que liquidarà l'Itachi. El Sasuke i el Kisame, però, li diuen que no s'hi fiqui, que es tracta d'una lluita entre germans. Al final, però, el Jiraiya intervé i ajuda el Sasuke, que està greument ferit.

El Jiraiya i el Naruto s'acomiaden del Gai i se'n van de viatge a la cerca de la Tsunade. El Naruto té moltes ganes d'entrenar-se i d'aprendre el jutsu promès, però el Jiraiya i ell se separen una estona perquè el Jiraiya vol gaudir d'una fira tot sol. El Naruto provoca un accident sense voler i el Jiraiya es veu obligat a fer servir el jutsu.

Perquè el Naruto aprengui el jutsu promès, el Jiraiya li demana que, amb el txakra, faci girar l'aigua d'un globus per poder fer-lo explotar. El jove ninja es pensa que ho aconseguirà de pressa, però es tracta d'una tècnica que el quart hokage va trigar tres anys a desenvolupar. Mentre el Naruto és al bosc entrenant-se, el Jiraiya va a la ciutat i trenca els tres tabús ninges.

El Naruto passa a la segona fase de l'entrenament. El Jiraiya li dibuixa una fulla al palmell de la mà perquè aprengui a concentrar-se i pugui dominar el jutsu que li ha d'ensenyar. Mentrestant, la Tsunade per fi té sort en una sala de jocs, però la intuïció li diu que aviat començaran els problemes, si es queda a la ciutat.

El Naruto s'enfronta a la fase més difícil de l'entrenament, que no té res a veure amb les dues prèvies, i ho fa mentre el Jiraiya busca la Tsunade per tota la ciutat. No gaire lluny, l'Orochimaru troba la ninja metgessa i li proposa un pacte: ressuscitarà el seu home i el seu germà si l'ajuda i li cura els braços.

El Naruto i el Jiraiya troben la Tsunade en un bar de la ciutat de Tanzaku bevent i pensant si accepta l'oferta que li ha fet l'Orochimaru. Per la seva banda, el Jiraiya li proposa que sigui la cinquena hokage davant de la sorpresa i l'enuig del Naruto, que es pensava que la buscaven només perquè curés el Sasuke i el Kakashi.

El Naruto i la Tsunade fan una juguesca: si el jove ninja aconsegueix dominar el rasengan en una setmana, ella li donarà el penjoll del primer hokage. Aquest penjoll té molt de valor sentimental per a la ninja llegendària, tal com descobrim gràcies a la Shizune, que visita el Naruto i l'hi explica.

Mentre el Naruto continua entrenant-se per dominar el jutsu, el Jiraiya mira de convèncer la Tsunade que no accepti l'oferiment de l'Orochimaru. La Tsunade, però, l'adorm per desfer-se d'ell. D'altra banda, la Shizune busca el Naruto i el Jiraiya i tots tres es disposen a evitar que la ninja llegendària arribi a un acord amb l'Orochimaru.

El Kabuto s'adona que la Tsunade no té cap intenció de curar els braços del seu mestre Orochimaru i decideix enfrontar-s'hi. Al principi la lluita està molt igualada, però el Kabuto fa sagnar la ninja i ella, en veure sang, queda paralitzada. Tot just llavors, apareixen el Jiraiya, el Naruto i la Shizune, que venen a ajudar la ninja llegendària de la Vila Oculta de la Fulla.

Amb la Tsunade paralitzada, el Jiraiya s'enfronta a l'Orochimaru i la Shizune, al Kabuto. El Kabuto fereix greument la Shizune i el Naruto intervé per salvar la ninja llegendària malgrat l'oposició del Jiraiya i d'ella mateixa, que li diuen que encara és un genin i que pot fugir, si vol. El Naruto no els fa cas i posa en pràctica el ninjutsu que acaba d'aprendre del seu mestre.

La Tsunade guareix el Naruto, que ha quedat greument ferit després d'enfrontar-se al Kabuto amb el rasengan acabat d'aprendre. Quan l'Orochimaru es disposa a posar fi a la vida del jove ninja, l'única que intenta evitar-ho és la Tsunade, que ha desenvolupat un jutsu nou que consisteix a acumular txakra al front.

Debilitats pels seus respectius desavantatges, la Tsunade i el Jiraiya decideixen aplegar forces per derrotar l'Orochimaru en una batalla en què els tres antics companys de la Vila Oculta de la Fulla recorren a les seves invocacions més poderoses. Mentrestant, la Shizune cuida el Naruto, que es recupera de les ferides.

En el camí de tornada a la Vila Oculta de la Fulla, el grup format pel Naruto, la Tsunade, la Shizune, el Jiraiya i el Tonton fa una parada a la Vila de les Aigües Termals. Allà, el Naruto intenta ajudar dos ninges que no poden tornar al seu país fins que la Tsunade no saldi el deute que va contreure amb el seu cap.

La colla del Naruto arriba per fi a la Vila Oculta de la Fulla, on el jove ninja es retroba amb el Konohamaru, que està trist perquè s'adona que el seu estimat avi mort serà substituït. La Tsunade va a l'hospital a curar el Sasuke, el Kakashi i el Rock Lee. Malauradament, la lesió del Rock Lee és molt greu i la Tsunade li dona una notícia terrible.

El Konohamaru es tanca al despatx del tercer hokage per impedir que la Tsunade substitueixi el seu avi i el Naruto intenta convèncer-lo que surti, que ningú s'oblidarà del Sarutobi. Mentrestant, la Tsunade busca maneres d'augmentar les possibilitats que el Rock Lee sobrevisqui a l'operació davant la sorpresa de la Shizune, que es pensa que l'únic que vol és beure i fer juguesques.

El mestre Gai descobreix que el Lee dubta sobre si ha d'operar-se i decideix animar-lo a fer-ho. En la conversa que tenen, el Lee recorda que el seu mestre li va ensenyar fa temps que podia aconseguir el que volgués si es desafiava a ell mateix mitjançant el mètode de les regles creades pel propi ninja.

El Naruto convenç el Sasuke i la Sakura perquè l'ajudin a descobrir com és la cara del mestre Kakashi, que sempre amaga darrere d'una màscara. Plegats, els tres ideen plans d'allò més absurds per veure-l'hi. Mentrestant, tres ninges que havien tingut una desavinença amb el Kakashi en el passat, miren de venjar-se'n.

El Naruto, el Sasuke i la Sakura reben la missió de viatjar al País del Te per protegir un jove que es diu Idate durant una cursa tradicional. En aquesta cursa, en què participen dos corredors que pertanyen a dos clans rivals, es decidirà qui manarà en aquest país veí. Malauradament, però, sembla que l'Idate no suporta els ninges.

La cursa del País del Te ha començat i als joves ninges els sembla que l'Idate s'equivoca de direcció. Quan l'hi comenten, ell els explica que va cap al nord per evitar uns vents molt forts i per aprofitar un corrent marítim. Quan ja són dins del vaixell que els portarà a Nagi, pateixen l'atac d'uns ninges que van conèixer a l'examen d'ascens a chuunin.

El Naruto i el seus companys es desfan dels tres ninges que els perseguien amb el rasengan i se'n van a rescatar l'Idate, que l'Aoi ha malferit amb agulles enverinades de la Vila Oculta de la Pluja. Afortunadament, la Sakura té un antídot que li va donar la Tsunade i el Naruto ajuda l'Idate a continuar la cursa.