El Going Merry aconsegueix escapar-se pels pèls del tren que es dirigia a tota velocitat contra el vaixell. A l'estació del tren hi coneixen la Kokoro i la Chimney, dues habitants de la zona, que els expliquen com és Water 7, la ciutat de l'aigua. Per anar a la ciutat han de llogar un "Bull Yagara", l'únic mitjà de transport que es fa servir en aquella ciutat de canals. L'home que els ha llogat el "Bull Yagara" els indica on són les drassanes, que els pirates del barret de palla busquen perquè han d'arreglar uns desperfectes del vaixell...

En Ruffy, la Nami i l'Ussop arriben a l'illa de les drassanes. Quan passen pel districte de les botigues, hi veuen molta gent que porta màscares de carnaval, La Robin i en Chopper, justament, també han baixat a terra ferma i, mentre fan un volt per aquest barri de botigues, un home emmascarat passat pel costat de la Robin i murmura: "CP9"! La Robin es posa d'allò més nerviosa, però les coses estranyes no s'acaben aquí perquè un grup d'homes també ataca en Zoro que s'havia quedat a bord del Going Merry per vigilar-lo.

En Ruffy, la Nami i l'Usopp han aconseguit 300 milions de bellies; a canvi d'una part de l'or del seu tresor i es dirigeixen cap a les drassanes. Allà hi coneixen l'Iceburg, l'alcalde de Water 7, que també és el director de les grans drassanes de l'illa. L'Iceburg accepta reparar el Going Merry i s'ofereix per ensenyar les drassanes a en Ruffy. Però de sobte, l'Usopp s'adona que les dues maletes amb els diners han desaparegut, i veu uns homes que s'allunyen amb ells damunt d'un Yagara Bull...

Després d'alguns maldecaps, els pirates aconsegueixen recuperar els diners i en Ruffy, la Nami i l'Usopp visiten el gran moll de l'empresa Galley La Company. Els impressiona la seva grandiositat i la popularitat de l'Iceburg, però, mentre l'Usopp admira un canó, els homes de la família Franky l'ataquen. Un dels desballestadors que treballen a les drassanes troba les dues maletes i les torna a en Ruffy i la Nami, però l'Usopp... ha desaparegut! A més, reben una altra mala notícia. Segons la gent de les drassanes, el problema del Going Merry no es pot arreglar de cap manera.

En Ruffy i la Nami es neguen a creure que el Going Merry no es pugui arreglar, i discuteixen amb la gent de les drassanes. Però els encarregats de les drassanes no canvien d'opinió i els diuen que hi tornin quan vulguin comprar un vaixell nou. En Ruffy i la Nami, a més, s'adonen que algú els ha canviat les maletes, i que els 299 milions de bellies; han desaparegut. La Nami s'adona immediatament del que ha passat: algú ha segrestat l'Usopp. Se'n torna al vaixell a guardar-hi els 100 milions de bellies; que encara els queden, i pel camí troba l'Usopp, que ha rebut una bona pallissa. Els membres de la família Franky li han pres els diners. Sense esperar cap resposta de la Nami, l'Usopp se'n va de dret a Franky House per enfrontar-se als seus atacants...

A Franky House l'Usopp, que no tenia cap possibilitat, rep una nova pallissa, i en Franky fuig amb els diners. Per sort, en Zoro, en Chopper, en Sanji i també en Ruffy, dedueixen on deu ser l'Usopp i van a correcuita cap a Franky House. Quan veuen que la família Franky ha atonyinat l'Usopp, els agafa un atac de ràbia i destrueixen la Franky House. Però de tota manera, continuen sense saber on deu haver marxat en Franky amb els 200 milions de "bellies" que tant necessiten...

L'Usopp està avergonyit que la família Franky li hagi robat els diners i pregunta a en Ruffy si, tot i així, encara podran pagar les reparacions del Going Merry. En Ruffy li dona les males notícies i li explica que compraran un vaixell nou a l'illa. L'Usopp no ho accepta de cap manera, i s'enfada tant que pren dues decisions: la primera, abandonar la tripulació, i la segona, desafiar en Ruffy a un duel en què es juguin el Going Merry.

Comença el duel entre en Ruffy i l'Usopp. L'Usopp treu tots els recursos de què disposa i sembla que agafa un cert avantatge, però al final no està a l'altura d'en Ruffy i perd el combat. En Ruffy s'acomiada d'ell i li diu que pot fer el que vulgui amb el Going Merry. Tothom està desencantat, però en Zoro li recorda a en Ruffy que ell és el capità i que, per donar moral a la tripulació, ha de fer el cor fort.

En Ruffy i la tripulació deixen el Going Merry a l'Usopp i s'instal·len en un hotel de la ciutat. L'endemà reben la notícia que algú ha disparat contra l'Iceburg i que ara està en coma. En Ruffy i la Nami van als molls a veure què ha passat i en Sanji i en Chopper van a buscar la Robin per la ciutat. Mentrestant, en Franky torna a Water 7 i veu les ruïnes de la casa familiar. Quan en Ruffy i la Nami arriben al moll número 1 de Galley La Company, en Franky, enrabiat, els espera per venjar-se...

En Ruffy accepta el combat amb en Franky i aviat s'adona que el seu contrincant és un cíborg que pot escopir foc i que té armes a totes les parts del cos. Mentrestant, l'Iceburg recobra la consciència i explica que els seus atacants eren un home molt corpulent i una dona alta amb els cabells negres. Està segur que la dona era la Robin i que darrere de l'intent d'assassinat hi ha els pirates del barret de palla. Ara en Ruffy haurà de lluitar contra en Franky i contra els homes de l'Iceberg...

Una alta marea increïble anomenada "Aqua Laguna" arriba, Chopper i Sanji s'afanyen a advertir l'Usopp. Ruffy vol reunir-se amb l'Iceburg i li exigeix saber el que passa. L'Iceburg diu que vol veure la Nico Robin una vegada més.

En un bar, Franky parla amb la Kokoro sobre la seva teoria sobre qui va disparar l'Iceburg. Els rumors semblen tenir una mica de veritat, com ho veiem la Nico Robin s'ha trobat amb algú d'una organització anomenada CP9. Mentre que els Pirates del Barret de Palla s'amaguen dels residents enfadats, Sanji i Chopper descobreixen la Robin que els explica que també deixa la tripulació.

En Chopper es reuneix amb els altres sense en Sanji i discuteixen el que va passar. En Ruffy decideix que vol conèixer tota la veritat, i trobar-se de nou amb la Nico Robin. L'Usopp intenta reparar la nau prou per suportar l'Aqua Laguna, en Franky té la intenció de capturar a l'Usopp i que faci sortir a en Ruffy del seu amagatall. Els Pirates del Barret de Palla s'obren pas a la Galley La Company.

Els Pirates del Barret de Palla (menys en Sanji) s'afanyen a la Galley La Company on la Nico Robin i els CP9 inicien un atac. A la sala de l'Iceburg la Robin i l'home misteriós que l'Iceburg havia vist abans, li diuen que han col·locat expressament la culpa als pirates. El seu veritable objectiu són els plànols d'un antic vaixell de guerra que s'han transmès a en Paulie. En Ruffy s'ha quedat encallat en un edifici, separat del seu grup.

Se suposa que tant en Rob Lucci com en Kaku s'han mort, i en Tilestone ha estat derrotat pels homes que porten màscares. La Nico Robin encara parla amb l'Iceburg dins de la seva habitació. Ja sabem que la Robin pot llegir el Poneglyphs i sembla que l'Iceberg és qui té els plànols d'una arma molt poderosa anomenada Plutó. Els veritables enemics són revelats com els propis aliats de l'Iceburg. En una altra habitació, en Ruffy està lligat amb en Paulie, i el membre de la Galley-La Company li diu que els seus plànols són falsos.

En Rob Lucci li diu a l'Iceburg la seva hipòtesi i en Kaku ha de comprovar el seu pols per saber si les coses que li diu que són veritables. Sospiten que l'amic de l'Iceburg del passat, en Cutty Flam, és realment en Franky i es revela per ser veritat. Per tant, en Franky té els plànols reals. Els Pirates del Barret de Palla i en Paulie entren a l'habitació on es troben l'Iceburg i els CP9.

Els pirates del barret de palla no tenen cap opció a l'hora de lluitar contra els agents del CP9, que s'han entrenat per adquirir els sis poders que els permeten fer servir les parts del cos com si fossin armes. Quan en Ruffy li pregunta a la Robin per què els vol abandonar, ella li contesta fredament que sacrificarà el que sigui per aconseguir el seu somni, però... es nega a dir quin és aquest somni! Davant de l'estupor dels pirates, la Robin fuig amb els membres del CP9 per anar a buscar en Franky.

La transformació d'en Rob Lucci és el resultat d'una Fruita del Diable, de tipus Zoan: la Neko Neko no Mi (Model Lleopard). Ràpidament es treu de sobre a la tripulació, i els CP9 lliguen a en Paulie i a l'Iceburg, deixar-los sols ja que l'edifici es crema lentament al seu voltant. A l'amagatall subterrani d'en Franky, l'Usopp li explica la seva història i en Franky és tocat per l'últim que diu. A canvi, en Franky li explica unes quantes coses sobre les contribucions d'en Tom per Water 7.

En Franky li diu a l'Usopp que el Going Merry no pot anar a la següent illa, de manera que en Franky destrueix una mica de la nau. L'Usopp veu que el Going Merry no durarà. Ell creu que la persona que va reparar el Going Merry a Skypiea era en realitat el Going Merry. En Franky diu que el vaixell estava habitat per un esperit que entra en els vaixells que són molt estimats pels tripulants. L'esperit va reparar la seva nau prou perquè poguessin arribar a l'illa següent.

En aquest episodi, comencen a explicar el passat d'en Franky. Com ell i l'Iceburg van ajudar en Tom a crear el Tren de Mar.

L'Spandam, un representant dels CP5, estava decidit a aconseguir la culpabilitat d'en Tom en el judici per poder obtenir els plànols. Quan en Franky va entrar a la ciutat, la gent del Govern Mundial va començar a atacar els cuirassats que havien construït personalment. En Tom i l'Iceburg van executar a les seves drassanes, on van ser atacats per dos vaixells que també destruïen les altres. L'Iceburg li va dir a en Franky que havia d'assumir la responsabilitat o que mai el perdonaria.

Els treballadors d'en Tom són detinguts per l'atac contra el vaixell judicial. En Franky li diu que si un vaixell seu és utilitzat com una arma, llavors ja no és un dels seus vaixells. Això fa enfurismar molt a en Tom que li dona un cop de puny a en Franky per primera vegada, dient-li que ha de tenir l'orgull dels vaixells que ell ha creat. Després li diu al jutge que accepta el càstig pel seu crim anterior i li demana que li perdoni pel recent atac tant per en Franky com per l'Iceburg perquè no vagin a Enies Lobby. No obstant això, en Franky s'enfada i dispara a l'Spandam amb una pistola, desfigurant-li el seu rostre. En Franky després tracta d'aturar el tren que va a Enies Lobby, primer amb un bazooka i després amb les seves pròpies mans, però acaba sent atropellat.

En Chopper s'escapa de l'edifici en flames amb en Paulie i l'Iceburg a l'esquena i s'esfondra l'exterior. L'Iceberg li diu a la Nami que la Nico Robin volia ajudar-los a sortir de l'illa amb seguretat i per a això es va lliurar al govern per ajudar-los a recuperar els plànols i després ser executada. La Nami s'afanya a dir-li a en Chopper que vagi a buscar la resta de la tripulació. En altres parts, els excapatassos que formen part del CP9, deixen anar el Going Merry perquè sigui destruït al mar.

En Paulie ajuda a netejar el nom dels Pirates del Barret de Palla, però no diu tot el que ell sap (allò del CP9). Es posa a seguir a la multitud que en Chopper guia perquè puguin buscar la resta de la tripulació. La Nami segueix el seu propi camí perquè pugui córrer el Tren de Mar. Quan s'acosten a l'estació, en Sanji, per davant d'ells, dient que s'acosta el tren.

La Nami i els altres són rescatats per en Paulie de les inundacions de l'Aqua Laguna a l'estació principal. A les mans de l'home, la Nami rep una carta d'en Sanji. L'informa que l'Usopp i en Franky, estan a bord del tren que acabava de marxar. A la part alta de la ciutat, la Nami parla amb la Kokoro. En Ruffy, està atrapat entre dos edificis, en un barri on l'Aqua Laguna arriba primer.

La Nami finalment arriba a en Ruffy i li diu que s'han d'afanyar a rescatar la Nico Robin abans que arribi a Enies Lobby. En Chopper troba a en Zoro i li dona el Sandai Kitetsu perquè es pugui escapar de la xemeneia. En Ruffy empeny els edificis en que estava atrapat i en Paulie els agafa a tots perquè es puguin escapar de l'onada massiva de l'Aqua Laguna.

En Sanji lluita en un vagó del tren i en un altre vagó es troben l'Usopp i en Franky. En veure quantes ganes té en Ruffy de salvar a la Nico Robin, la Kokoro i l'Iceburg presten als Pirates del Barret de Palla l'ús d'un altre Tren de Mar, anomenat Rocket Man. La Família Franky apareix, suplicant a en Ruffy que els deixin venir ja que han de salvar al seu líder, i en Ruffy hi està d'acord que vinguin.

El Rocket Man finalment arriba a la mar. Quan el tren es connecta a les vies del mar, en Ruffy ha de rescatar a la Chimney abans que surti volant pel vent. Mentrestant, l'Iceburg té un record de quan per fi es va reunir amb en Franky de nou a Water 7. Amb en Ruffy i la Chimney amb seguretat al tren, en Paulie li diu als seus companys fusters que els veritables culpables van ser uns altres. Els Barret de Palla, la Família Franky, i la Galley La Company formen una aliança.

En Ruffy i en Zoro realitzen un atac que actua similar a un canó i fan un forat a una onada, obrint un canal perquè passin a través. En Sanji en contacte amb la resta de la tripulació els diu la seva situació actual. L'Usopp se separa d'ells, però després, en Sanji i en Franky, veuen un home anomenat Sogeking dient que ve al seu rescat.

Resulta evident que en Sogeking és l'Usopp disfressat, però en Sanji fa veure que no se n'adona. Juntament amb en Franky, els dos amics ordeixen un pla per assaltar el tren. Per començar, separen l'últim vagó del tren, on hi ha tots els soldats. De tot plegat se'n surten prou bé perquè resulta que Franky és un ciborg i té armes incorporades a la part frontal del seu cos! Quan arriben al següent vagó, hi troben en Wanze, el cuiner, que és un element molt estrany. En Sanji diu a en Franky i en Sogeking que avancin cap al següent vagó mentre ell s'ocupa del cuiner.

En Sanji té més dificultats de les esperades a l'hora de desfer-se d'en Wanze, que l'ataca amb fideus. En Sanji decideix que l'única sortida possible és fer servir els seus estris de cuina. Mentrestant, en Nero, el membre més nou del CP9 espera en Franky a dalt del tren. El combat entre ells està molt igualat, i tots dos estan sorpresos pel que pot arribar a fer l'altre.

En Sogeking arriba al vagó de la Robin, i li diu que tothom s'ha posat en camí per salvar-la. La Robin, però, es nega a marxar. Mentre discuteixen, apareix en Corgy i en Sogeking s'amaga a dins de la capa de la Robin. Mentrestant, en Franky i en Nero continuen lluitant al sostre del tren, i cap dels dos té un avantatge clar. En Rocketman ara ja s'acosta als dos vagons separats del Puffing Tom. En Zoro els talla per la meitat i fa lloc perquè el Rocketman pugui avançar. De sobte passen pel costat d'un gegant marí partit pel mig. En Zoro es prepara per lluitar amb l'home responsable d'aquest fet increïble, en T-Bone.

Després de matar el gegant marí, en T-Bone ha saltat del vagó de passatgers i s'ha posat a perseguir el Puffing Tom a peu, però el Rocketman aviat l'atrapa. Llavors, en T-Bone i en Zoro lluiten aferrissadament, i en Zoro finalment s'emporta la victòria. A bord del Puffin Tom, en Wanze intenta desesperadament derrotar en Sanji, però en Sanji li demostra que és més fort. En Franky també supera en Nero, i juntament amb en Sanji es prepara per enfrontar-se a dintre del tren amb en Lucci i els altres membres del CP9.

Després d'amagar-se a sota la capa de la Nico Robin, en Sogeking finalment es mostra. S'ensopega a l'habitació amb els CP9 i al cap d'una estona, es reuneix amb en Sanji i en Franky. En Sogeking produeix una cortina de fum. En un altre vagó, se separen, i s'escapen. Però, en Blueno els enxampa en el vagó. En Franky fa caure la paret perquè puguin escapar, però acaba al vagó enemic. En Blueno obre una porta en el vagó dels Pirates del Barret de Palla.

La Nico Robin segueix la improvisada porta que ha fet en Blueno, i en Sogeking i en Sanji es queden sols. Durant un temps, en Blueno explica una mica del seu passat a la Robin i la seva participació en el Buster Call. De tornada al Rocket Man, la granota gegant salta a la part davantera del tren, i els derroca de les vies. Després que la Kokoro parles amb ell, s'uneix al grup. Els CP9, en Franky i la Nico Robin finalment arriben a Enies Lobby i hi desembarquen.